Ambientat el 2035, el joc segueix el comandant David «Section» Mason liderant un equip d’operacions especials per aturar Raul Menéndez, que ha tornat amb noves amenaces. Alhora, han d’investigar a «La Germandat», un colós tecnològic i antic sindicat criminal liderat per Emma Kagan que promet la pau mundial. La campanya porta als jugadors a entorns des de Tòquio fins al Mediterrani.
