Bayek és el darrer Medjay, nom atribuït a uns guerrers el deure dels quals és protegir el faraó. Però Bayek decideix abandonar aquesta missió en adonar-se que el faraó Ptolemeu XIII és el titella d’una fosca i malvada organització anomenada ‘l’Ordre dels Antics’, la qual busca controlar el món mitjançant la tirania. La seva filosofia dicta que els humans són destructius si se’ls deixa actuar lliurement, a més d’haver matat el fill de Bayek.